Di akhir abad masehi, sebuah meteor misterius jatuh ke bumi. Radiasi meteor tidak hanya memusnahkan banyak kehidupan, tapi juga menciptakan kehidupan baru, yang disebut 'ETERNAL'. Sejak saat itu, dimulailah era pertempuran baru antara manusia dan eternal, yang dikenal dengan nama 'ETERNAL CENTURY'.

Lone Lanrete adalah seorang pelajar dari SCIENCE FRONTIER, sekolah bagi anak-anak terpilih dan korban peperangan yang berlokasi di stratosphere di atas ibukota ASEAN: Nu Batavia. Semua orang, baik manusia dan eternal hidup dengan damai di sana.

Tapi keharmonisan itu tidak bertahan lama saat peperangan mencapai tempat itu. Di saat genting itu, Lone membangkitkan kekuatan sejatinya yang melebihi eternal manapun sebagai 'STEALTH FIGHTER' untuk mengubah dunia.